шитье не иконопись. Во-первых такой размер лика относится к миниатюре, а миниатюрные лики шьют без притенений(когда два тона на лике, белее темный называют "притенением"). Поверх(если я правильно Вас поняла) никогда стежки не укладывают за исключением тех случаев, когда надо зашить неудачные линии, чтоб не видно было. Насчет бороды - миниатюра, мне кажется вполне нормально по цвету. Обычно пряди на бороде и волосах делают темно-коричневым цветом - как и контур, это собственно к контуру и относятся. А потом укладывают тем цветом, что задуман для вышивания волос все пространство между контурами (прядей) по определенной схеме.
Зайдите в ризницу Лавры и посмотрите как там зашиты лики на древних вещах.

Борода у Спасителя - это, на мой взгляд, самое скользкое место в лицевом шитье. Мы со студентами в курсе "Лицевое шитье" разбираем лик Спасителя последним, как наиболее трудный.
Я для наглядности всегда им показываю очень мною любимый образ Спаса Великого Архиерея, вышитый в мастерской Старицких. И если внимательно приглядеться к бороде, то видно, что и перед лучшими мастерицами 450 лет назад стояли те же задачи и сложности.

При шитье лика миколент пропоролся и "махры" вылезают на изображение. Его надо приклеивать или пришивать?

Если есть возможность, лучше приклеивать (мучным клейстером). Тогда миколент становится как бы тончайшей пленкой на ткани, укрепляя ее, ограничивая ее способность вытягиваться и придавая более гладкую воверхность. При этом такая "пленка" свето- и воздухопроницаема. Если невозможно миколент приклеить (из боязни испачкать фон, ведь именно он смазывается клейстером, а не миколент), то он пришивается к ткани параллельными рядами мелких стежков (не просто по краям). Чтобы миколент не пострадал во время длительной работы, нужно всю работу закрывать тканью, освобождая от нее лишь тот небольшой участок, где Вы сейчас шьете. Особенно нужно предохранять от затирания тот участок, который находится под лежащей на пяльцах рукой.